1990年、カール・ビルケンシュトック(Karl Birkenstock)の長男、ステファン・ビルケンシュトック(Stephan Birkenstock)がビルケンストック社に入社します。この頃、ビルケンシュトック(Birkenstock)は、環境保護に配慮するために、機械の最新化とフッドヘッドの改良に力を注ぎます。
また、工場を広げ、システムの現代化を図りました。この年、ビルケンシュトックは、東西ドイツ統一後に始めて東ドイツに進出した企業のひとつとして貢献します。アレックス・ビルケンシュトック(Alex Birkenstock)がブランド、タタミ(TATAMI)を設立したのもこの年です。
1991年、流行色を積極的に取り入れたブランド、パピリオ(Papillio)を設立します。
1992年には手作りのレザーシューズブランド、フットプリンツ(Footprints)を、1993年にはアレックスがビルキー(Birki’s)を、1994年にはクリスチャン・ビルケンシュトック(Chirstian Birkenstock)がブランド、ベチュラ(Betula)をそれぞれ設立しました。
1994年には、ビルキーがゲルを使用せずに靴底と靴の表面を接着する最新技術を発表します。
1999年、ビルケンシュトックは創立225周年を迎えました。この年に第二回国際代理商の会議が行われ、200人以上が参加します。また、世界各地の代理商が、ビルケンストックの225周年記念会に集いました。
この時、フットプリンツの製品ラインが登山靴をはじめ、紳士靴、婦人靴まで発展させます。また、ビルキーが世界初となる超軽量EVAクロッグを発明したのもこの年でした。
翌2000年にはタタミが10周年を迎え、その記念会が行われます。また、同じ2000年にはフットプリンツの紳士靴が正式にラインナップに加わり、ビルキーは、ゲルを使用しないサンダルを登場させました。
2002年には、世界的人気を博するアイテム、ボストンが発売から25周年を迎えます。翌2003年には1990年にベストシューズに選出されたアリゾナが30周年を迎えました。
2004年、ビルケンシュトックはイギリスで最も代表的な品質賞であるThe Draper Awardにおいて、ベストオブシューズの栄冠に輝きます。
このことにより、ビルケンシュトックのデザインは時代を超越し、場所、年齢、スタイルを問わない数多くの人に素晴らしい履き心地を提供しているブランドだということが証明されます。
また、2006年、2007年の2年連続、シンガポールのCleo Fashion Awardにおいて、Best Running Shoeを受賞するという快挙を成し遂げました。
また、同じく2007年にはBirkenstock Orthopädie GmbH&Co.KGのオーナーであるステファン、アレックス、カールが長きに渡りビジネスパートナーであったBirkenstock Distribution U.S.A 部門を引き継いで、カリフォルニアに合った以前BDUSA Novatoがあった場所にオフィスを構えました。