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ナンバーナイン（NUMBER (N)INE）は多くのブランドなどとのコラボレーションを手掛けています。特に2010年に経営陣やデザイナーが変わって新体制となって以降は、数々のブランドとのコラボレーションを展開してきました。
中でも注目を集めたもののひとつが、日本のスニーカーショップ、アトモス（atmos）とのコラボレーションです。このコラボレーションでは、スニーカーはもちろん、デニムやTシャツなども制作されています。
このうちスニーカーについては、ナンバーナインとアトモス、オニツカタイガーによるトリプルコラボレーションが実現し、限定1000足のスニーカーが発売されました。
このコラボレーションでは、1980年に発売されたオニツカタイガーのアライアンスというモデルのスニーカーをベースにしています。そこに、音楽を重視するナンバーナインならではの、楽譜をモチーフにしたデザインが施されているのが特徴です。
その他、株式会社ジーンズメイトが手掛ける大人向けアイテムブランド、ブルースタンダード（BLUE STANDARD）ともコラボレーションを行い、ダウンジャケットを制作しています。このコラボレーションも人気を呼び、完売御礼となって翌年にはさらにアップグレードした新作が発表されました。
2016年には、ニューヨークに拠点を置く世界的キャップブランドのニューエラ（New Era）ともコラボレーションを行っています。このコラボレーションは数字の9にこだわって展開され、ニューエラの人気ラインである9TWENTYと9FORTYがベースに採用されました。
ナンバーナインはそのほかにも、シルバーアクセサリーを手掛ける日本のブランド、マジカルデザイン（MAGICAL DESIGN）などともコラボレーションしています。このコラボレーションでは、スカルをモチーフにしたリングを制作しました。また、プロ野球チームのホークスなどともコラボレーションを行い、選手自らがデザインを監修したものを含め、3種類のコラボレーションTシャツを発売しています。
